Thành phố Cần Thơ có các vị trí giáp ranh như sau: Phía Bắc giáp với tỉnh An Giang; Phía Nam giáp với tỉnh Hậu Giang; Phía Đông giáp với tỉnh Đồng Tháp và Vĩnh Long; Phía Tây giáp với tỉnh Kiên Giang. Thành phố Cần Thơ có tọa độ địa lý từ 9°55’08’’ đến 10°19’38’’ vĩ độ Bắc và từ 105°13’38’’ đến 105°50’35’’ kinh độ Đông. Địa hình thành phố Cần Thơ tương đối bằng phẳng và có xu hướng cao dần từ Bắc xuống Nam. Vùng phía Bắc của thành phố là khu vực trũng, nên thường xuyên bị ngập úng vào mùa mưa lũ, đặc biệt là vào tháng 9 hàng năm. Độ cao trung bình phổ biến của thành phố dao động từ 0,2m đến 1m so với mực nước biển, một vài khu vực có độ cao từ 1,5m đến 2m.