Cần Thơ nằm ở khu vực bồi tụ phù sa nhiều năm của sông Mêkông, có địa hình rất đặc trưng cho dạng địa hình đồng bằng. Địa hình thành phố Cần Thơ tương đối bằng phẳng và cao dần từ Bắc xuống Nam. Vùng phía Bắc là vùng trũng nên thường bị ngập úng vào mùa mưa lũ tháng 9 hàng năm. Độ cao trung bình phổ biến từ 0,2m đến 1m so với mực nước biển, một vài nơi có độ cao từ 1,5m đến 2m.