Mục tiêu của Chương trình nhằm nâng cao năng lực hệ thống tổ chức quản lý nhà nước về vệ sinh an toàn thực phẩm từ Trung ương đến địa phương đủ năng lực quản lý và kiểm soát an toàn thực phẩm trong toàn bộ chuỗi cung cấp thực phẩm được thiết lập, góp phần bảo vệ sức khỏe và quyền lợi người tiêu dùng thực phẩm, đáp ứng yêu cầu phát triển và hội nhập kinh tế quốc tế của đất nước.

Cụ thể, đến năm 2015: Giảm 25% số vụ ngộ độc thực phẩm có số người mắc lớn hơn hoặc bằng 30 người so với năm 2010; số người mắc ngộ độc thực phẩm cấp tính/100.000 dân trong các vụ ngộ độc thực phẩm được ghi nhận là nhỏ hơn hoặc bằng 8; tỷ lệ mẫu vượt mức cho phép/tổng số mẫu được kiểm nghiệm an toàn thực phẩm dưới 6% trong các chương trình giám sát quốc gia về an toàn thực phẩm nông sản và dưới 4% trong các chương trình giám sát quốc gia về an toàn thực phẩm thủy sản; 100% các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có mô hình chợ bảo đảm vệ sinh an toàn thực phẩm.