Mục tiêu cụ thể đến năm 2020 như sau:

Về vận tải: Khối lượng vận tải hành khách đạt 450 ÷ 500 lượt hành khách /năm với tốc độ tăng trưởng bình quân 5,1%/năm, trong đó năng lực thông qua các cảng hàng không – sân bay trong vùng khoảng 11,8 triệu hành khách năm 2020. Vận tải hành khách công cộng tại thành phố Cần Thơ đạt tỷ lệ từ 10% ÷ 15% nhu cầu đi lại và tại các thành phố khác trong vùng đạt tỷ lệ từ 5% ÷ 10% nhu cầu đi lại. Đồng thời, lượng hàng hóa đạt khoảng 100 ÷ 110 triệu tấn/năm với tốc độ tăng trưởng bình quân 8,1%/năm, trong đó lượng hàng hóa thông qua các cảng biển đến năm 2020 khoảng 58,5 triệu tấn/năm.

Về kết cấu hạ tầng giao thông: Phấn đấu đến năm 2015 đạt 100% xã có đường ô tô đến trung tâm xã, các xã cù lao chưa xây dựng được cầu đường bộ phải có bến phà; 100% đường huyện và tối thiểu 70% đường xã được nhựa hóa hoặc bê tông xi măng hóa; đường huyện đạt tối thiểu cấp V đồng bằng, đường xã đạt tối thiểu cấp VI đồng bằng; xóa bỏ hết cầu khỉ. Ngoài ra, tiến hành nghiên cứu đầu tư tuyến dường sắt thành phố Hồ Chí Minh, Cần Thơ vào thời điểm phù hợp. Từng bước phát triển hạ tầng giao thông đô thị và vận tải hành khách công cộng đáp ứng nhu cầu tại thành phố Cần Thơ và các đô thị trong vùng.

Định hướng đến năm 2030 sẽ thỏa mãn được nhu cầu vận tải và dịch vụ vận tải của xã hội với  chất lượng cao, đạt tiêu chuẩn quốc tế, giá thành hợp lý và cạnh tranh, nhanh chóng, an toàn; kết nối thuận lợi giữa các phương thức vận tải, giữa các tỉnh, thành phố trong vùng, với cả nước và quốc tế.

Theo quy hoạch, việc phát triển vận tải sẽ hình thành 5 hành lang vận tải chủ yếu là: hành lang thành phố Hồ Chí Minh – Cần Thơ – Cà Mau, Hành lang Hồ Chí Minh – Long Xuyên (An Giang) – Rạch Giá (Kiên Giang), Hành lang thành phố Hồ Chí Minh – Hà Tiên (Kiên Giang), hành lang Cần Thơ – Long Xuyên – Châu Đốc (An Giang), hành lang Hà Tiên – Rạch Giá – Cà Mau.